元湯石屋が創業したのは、江戸時代寛政元年（1789）のこと。
金沢城二里以内に温泉宿をつくることがかたく禁じられていた藩政期に、加賀藩家老・前田土佐守が深谷の湯につかり病気を快癒したことから、藩士や町民など多くの人が利用できるようにと、加賀藩が温泉場を整備したことにはじまります。

大正時代を代表する画家・竹久夢二が、金沢出身の妻・たまきと里帰りの際に宿泊されました。
まじめな人物であった七代目当主はのちに竹久夢二について、「正妻さんと泊まられたことは石屋の誇りであるが、わしが女であっても惚れることはないだろうなぁ」と語っていたそうです。

皇族につぐ格式ある家柄・五摂家の筆頭であり、のちに内閣総理大臣をつとめた近衛文麿が金沢へ来遊された際、宿泊されたのが石屋です。
石屋の湯を霊験あらたかな温泉であるとおよろこびになった近衛文麿は「霊泉」と揮毫され、住まいのある京都まで石屋の源泉を四斗樽に詰め何度も運ばせたと記録が残っております。